机关党委共设置21个党支部，分别为：党政办公室党支部、组织统战部党支部、党委宣传部党支部、学工人武部党支部、纪检监察巡视党支部、研究生院党支部、人力资源部党支部、招生就业处党支部、教务处党支部、科研部党支部、国际合作与交流部党支部、财务处党支部、审计处党支部、资产与后勤保障处党支部、基本建设处党支部、保卫与校园管理处党支部、团委党支部、工会党支部、对外联络与基金事务处党支部、北京教学与管理部和北京研究院联合党支部、高新园区建设与管理委员会办公室党支部。